在進行鋁合金6060的CNC機加工結構件時，需要注意以下幾個方面：

結構復雜性：鋁合金6060的CNC加工結構件可能具有復雜的幾何形狀和細小的結構細節，需要合理規劃加工路徑、工具選擇和夾持方式，以確保加工的準確性和一致性。

壁厚控制：根據設計要求和應用場景，合理控制鋁合金結構件的壁厚。過薄的壁厚可能導致加工困難、變形或破損，而過厚的壁厚可能導致加工時間和成本增加。

精度要求：鋁合金6060的結構件可能需要較高的加工精度，特別是在涉及到配合尺寸、裝配要求或功能性特征的情況下。合理設置切削參數、使用合適的工具和加工工藝，以確保達到所需的精度要求。

刀痕控制：鋁合金6060相對較軟，容易產生劃痕或刀痕。在進行加工時，選擇合適的切削工具和切削參數，避免過大的切削力和過高的切削速度，以減少刀痕的產生。

此外，還需要注意良好的冷卻和潤滑，定期清理切屑和保持機床和刀具的良好狀態。對于復雜結構件，可以進行模擬或預加工測試，以驗證加工方案和確保一致的質量。

較好與專業的加工廠商或工程師進行咨詢，根據具體的設計要求和加工條件，制定合適的加工方案，以確保鋁合金6060結構件的質量和性能符合要求。